因为元朝与四大汗国之间是同宗同属的关系，可以说四大汗国属于元朝的势力，它们的前身都是蒙古帝国，因此几个国家之间并没有太大的矛盾。四大汗国的矛盾主要集中在国家内部，与元朝之间并没有多大的势力纠纷与纠葛。元朝已经不醉心于对外扩张了，其最主要的任务就是处理好国家内部中原与蒙古民族之间的关系。最终统治者选择蒙汉异治的方式解决水土不服的问题。

大蒙古帝国疆域广阔，并且有很强的势力。忽必烈继承了成吉思汗的衣钵之后，成功夺得了汗位，于是他的几个在竞选中落败的兄弟分走了蒙古帝国的一部分，建立了四大汗国。因此，四大汗国的统治者与忽必烈之间有着血缘关系，这几个国家与元朝同属于大汗帝国，同宗同属，算是一脉相承。

因此特别是早期，四大汗国与元朝至今保持着非常和睦的关系，并没有多大的矛盾斗争。再加上元朝合并了中原，势力极为强劲，因此四大汗国不去招惹元朝。与元朝的相安无事相比，四大汗国内部的矛盾则更要尖锐一些。据统计四大汗国自成立之后，相互之间发动过多场战争，不断进行势力划分。

虽然在纠葛中，蒙古帝国的总领土面积没有变化，但是分属的四个国家的边界线却有着细微的变化。元朝被汉化，其政权变动趋于稳定，但四大汗国仍然保留了原蒙古帝国的传统，在争夺汗位上异常凶猛。因此，各国矛盾不断，波谲云诡，变化多端。

元朝不仅没有灭掉四大汗国的想法，在对外扩张时还试图拉拢四大汗国与其一同发动侵略战争，反而是合作的关系。后期的元朝政权岌岌可危，与明朝之间的争斗使得他们明显力不从心。四大汗国在此时却没有表示帮助，一方面是由于四大汗国与元朝相对独立，另一方面则是因为明朝势力强劲，四大汗国选择明哲保身，而不是盲目出击。